江户幕府的第一代将军—德川家康于1616年亡故。根据将军的遗言“在日光山建造灵庙祭祀神明”，由第二代将军秀忠兴建的“东照社”，其后根据天皇的宣旨而改名为东照宫。据说家康的遗言意味着保护作为江户幕府鬼门方向的日光，祈愿德川家的安泰与天下和平。二十年后的1636年，根据崇敬祖父的第三代将军—家光的命令，大兴土木重建东照社。该工程是总造价高达57万两黄金，按现在的价值进行换算则约为400亿日元，共计有454万人参与的大型建设，运用了桃山时代的绚烂豪华的建筑手法，并且还聚集了江户时代初期(17世纪初)精巧的雕工技术于一体。今天我们所看到的大多数的东照宫的建筑物均为那个时代所建，其卓越之美即使跨越时代也毫不逊色。东照宫中有许多值得观赏的文化遗产，正殿，石间，拜殿，阳明门等8栋建筑被指定为国宝，还有34栋建筑被指定为重要文化遗产。

766年，日光山的开山始祖胜道上人创建了本宫神社与四本龙寺。该本宫神社就是现在的二荒山神社的前身。782年，第三次成功登上男体山的胜道上人分别在坐落于山顶的奥宫，山麓的中禅寺湖畔的中宫进行了祭祀。此后，日光山作为神佛居住的山而闻名天下，据说有许多修行僧人曾经到访。自825年开始在龙尾神社祭祀山神以来，更加深了人们对女峰山的信仰。日光山作为关东第一灵地曾经繁华一时，12世纪后半叶的镰仓时代以后(1334年—)，更是作为关东的守护神，来自幕府以及皇族的供奉络绎不绝。1603年德川家康在江户创立了幕府之后，日光山作为江户的鬼门而倍受庇护，幕府重新建造了正殿及神殿。目前其中的23栋正殿及神社院内的桥等被指定为重要文化遗产。

在神道与佛教共存的日光山，轮王寺肩负着佛教的一面。原本由日光山的开基者胜道上人于766年在大谷川畔创建的四本龙寺是其基础。之后，810年改名为满愿寺，1240年改名为光明院，1655年后水尾天皇颁旨更名为现在的轮王寺。

自创建以来，轮王寺作为日光山的中心发展至今。室町時代(1336年—1573年)修建了500余座修行僧侣的居所，与滋贺县的比叡山一同作为天台宗的总寺院而极尽隆盛。1653年，在寺内建造了江户幕府第三代将军—德川家光的墓地大猷院灵堂，之后一直为德川幕府所尊崇。附属的寺以及堂的数量可观，尤其是收藏了开山以来宝物的宝物殿，传承江户时代(1603年—1867年)庭园技术的逍遥园，安置了轮王寺中三座巨大的本尊佛像的三佛堂均为重要的景点。