忍者傳承館和忍者屋、忍者體驗館同為伊賀流忍者博物館的設施。

據說伊賀流忍術是在飛鳥時代誕生于伊賀地方的修驗道（修行者的武術），後成為山伏（日本修驗道的修行者）兵法，而後逐步得以傳承、發展。 忍者為了適應嚴酷的生活，平時的身心磨練是必不可少的。

館內通過圖像及展板介紹了暗號、九字法、面相學等忍者的智慧結晶，解讀了忍者的戒律和暗號，揭示了忍術奧妙等。並且，科學地解釋了忍者的古文書籍，舉例說明了日常生活及常識經驗等，可以瞭解到關於忍者的詳細情況。