江戶幕府的第一代將軍—德川家康于1616年亡故。根據將軍的遺言“在日光山建造靈廟祭祀神明”，由第二代將軍秀忠興建的“東照社”，其後根據天皇的宣旨而改名為東照宮。據說家康的遺言意味著保護作為江戶幕府鬼門方向的日光，祈願德川家的安泰與天下和平。二十年後的1636年，根據崇敬祖父的第三代將軍—家光的命令，大興土木重建東照社。該工程是總造價高達57萬兩黃金，按現在的價值進行換算則約為400億日元，共計有454萬人參與的大型建設，運用了桃山時代的絢爛豪華的建築手法，並且還聚集了江戶時代初期(17世紀初)精巧的雕工技術於一體。今天我們所看到的大多數的東照宮的建築物均為那個時代所建，其卓越之美即使跨越時代也毫不遜色。東照宮中有許多值得觀賞的文化遺產，正殿，石間，拜殿，陽明門等8棟建築被指定為國寶，還有34棟建築被指定為重要文化遺產。

766年，日光山的開山始祖勝道上人創建了本宮神社與四本龍寺。該本宮神社就是現在的二荒山神社的前身。782年，第三次成功登上男體山的勝道上人分別在坐落於山頂的奧宮，山麓的中禪寺湖畔的中宮進行了祭祀。此後，日光山作為神佛居住的山而聞名天下，據說有許多修行僧人曾經到訪。自825年開始在龍尾神社祭祀山神以來，更加深了人們對女峰山的信仰。日光山作為關東第一靈地曾經繁華一時，12世紀後半葉的鐮倉時代以後(1334年—)，更是作為關東的守護神，來自幕府以及皇族的供奉絡繹不絕。1603年德川家康在江戶創立了幕府之後，日光山作為江戶的鬼門而倍受庇護，幕府重新建造了正殿及神殿。目前其中的23棟正殿及神社院內的橋等被指定為重要文化遺產。

在神道與佛教共存的日光山，輪王寺肩負著佛教的一面。原本由日光山的開基者勝道上人於766年在大穀川畔創建的四本龍寺是其基礎。之後，810年改名為滿願寺，1240年改名為光明院，1655年後水尾天皇頒旨更名為現在的輪王寺。

自創建以來，輪王寺作為日光山的中心發展至今。室町時代(1336年—1573年)修建了500余座修行僧侶的居所，與滋賀縣的比叡山一同作為天臺宗的總寺院而極盡隆盛。1653年，在寺內建造了江戶幕府第三代將軍—德川家光的墓地大猷院靈堂，之後一直為德川幕府所尊崇。附屬的寺以及堂的數量可觀，尤其是收藏了開山以來寶物的寶物殿，傳承江戶時代(1603年—1867年)庭園技術的逍遙園，安置了輪王寺中三座巨大的本尊佛像的三佛堂均為重要的景點。